En la sala capitular de la ciudad de Orduña se reúnen los cabildos civil y eclesiástico, en representación de todo el pueblo, con el provincial de los jesuitas para aceptar un legado que desde la ciudad de Lima y por carta hiciera el 24 de Noviembre de 1666 Don Juan de Urdanegui, hijo de esta ciudad, virrey de Perú y marqués de Villafuerte.
Se coloca la primera piedra del colegio.
Carlos III expulsa a los Jesuitas de España y el colegio se transforma en hospital.
Restaurada la Compañía de Jesús en 1814, un decreto del gobierno de 14 de enero de 1869 concede facultad a los municipios para fundar colegios. El ayuntamiento de Orduña solicita el retorno de los Jesuitas y el 1 de octubre de 1870 comienza la actividad académica con el título de Colegio Municipal de la Antigua.
El colegio se clasifica como colegio privado agregado a un instituto oficial, libremente elegido entre los dependientes de la universidad de Valladolid.
Se levanta un nuevo piso sobre todo el edificio antiguo, destinado a dormitorio para 220 alumnos internos.
Se construye el nuevo salón de actos.
Por iniciativa de los antiguos alumnos, se inaugura el monumento de la Virgen de la Antigua en la peña.
Tras la nueva expulsión de los Jesuitas y el paréntesis de la Guerra Civil, se reabre el colegio en un estado deplorable
Los Jesuitas lo abandonan definitivamente.
Los Josefinos compran el colegio y reconstruyen el edificio, casi en ruinas.
Se da inicio, oficialmente, el primer año escolar del seminario menor de la Iglesia Católica Ntra. Sra. de La Antigua.
El seminario de transforma en colegio libre dependiente del instituto masculino de Bilbao. Se admiten los primeros alumnos externos.
El colegio se convierte en mixto.
Aprobación definitiva del colegio homologado Ntra. Sra. de la Antigua para los cursos de BUP y COU.
Se concede la autorización definitiva como seminario menor de la Iglesia Católica al tercer ciclo de EGB.
Se implanta la LOGSE: ESO y BACHILLERATO.
Se amplía la oferta educativa pasando a ser un colegio de Educación Infantil, Educación Primaria, Educación Secundaria Obligatoria y Bachillerato.
Se cumplen el 50 aniversario del Colegio Nuestra Señora de la Antigua en Orduña.
El Colegio recibe la autorización para la impartición del Ciclo Superior de Desarrollo de Aplicaciones Multiplataforma.